Данная проблема решается с помощью этого скрипта. Собственно сам скачанный скрипт здесь.

Но имеется следующая проблема - Для устранения конфликта скрипты должны подключаться в следующем порядке:

1. Bootstamp. 2. jQuery UI. 3. bootstrap-button-fix.js. Но Joomla подключает bootstamp последним.

Для решения данного вопроса следует создать системный плагин.

 

 

<?php
/**
 * @version		$Id: #plugin#.php 147 2013-10-06 08:58:34Z michel $
 * @copyright	Copyright (C) 2015, Vadim Rigin. All rights reserved.
 * @license #http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html GNU/GPL
 */
// No direct access
defined('_JEXEC') or die;

jimport('joomla.plugin.plugin');

class plgSystemMovescripts extends JPlugin
{
	
    //Just examples
    
  function onBeforeCompileHead() 
    {

        $app = JFactory::getApplication();
        if (!$app->isAdmin()) 
        {

            $doc = JFactory::getDocument();

            if(!method_exists($doc,'getHeadData'))
            {
                    return;
            }

            $headers = $doc->getHeadData();


            if(     isset($headers['scripts'])
                    && isset($headers['scripts']['/media/jui/js/bootstrap.min.js']) 
                    && isset($headers['scripts']['/templates/usertemplate/js/jquery-ui.min.js']) 
                    && isset($headers['scripts']['/templates/usertemplate/js/bootstrap-button-fix.js'])
                )
            {
                    foreach ($headers['scripts'] as $key => $value) {

                        if(
                                $key == '/media/jui/js/bootstrap.min.js' ||
                                $key == '/templates/usertemplate/js/jquery-ui.min.js' ||
                                $key == '/templates/usertemplate/js/bootstrap-button-fix.js'
                            )
                                continue;
                        
                        $buf[$key] = $value;
                    }
                $buf['/media/jui/js/bootstrap.min.js'] = $headers['scripts']['/media/jui/js/bootstrap.min.js'];
                $buf['/templates/usertemplate/js/jquery-ui.min.js'] = $headers['scripts']['/templates/usertemplate/js/jquery-ui.min.js'];
                $buf['/templates/usertemplate/js/bootstrap-button-fix.js'] = $headers['scripts']['/templates/usertemplate/js/bootstrap-button-fix.js'];

                $headers['scripts'] = $buf;

                $doc->setHeadData($headers);
            }  
        }
		
    }   
}

Плагин вот.