При работе с таблицами типа MEMORY иногда получается, что необходимый объем данных не влезает. Выше определенного числа строки просто не создаются с ошибкой:
The table НАЗВАНИЕ ТАБЛИЦЫ is full

Например, такое часто случается при индексировании файлов в умном поиске Joomla.

По факту - у MYSQL просто кончилась память под размещение данных в куче. Легко изменить это в настройках MYSQL (в Linux - по умолчанию /etc/my.cnf):
max_heap_table_size=256M

Никаких мыслей по поводу “MYSQL таблица MEMORY ограничена в размере и не заполняется”