Полный список доступных опций MEncoder и примеры смотрите на странице руководства man. Ряд наглядных примеров и подробные руководства по использованию отдельных параметров кодирования, можно узнать прочтя советы по кодированию, которые мы собрали из отдельных нитей[threads] рассылки MPlayer-users. В архивах здесь и, особенно по поводу старых вещей, здесь найдется множество дискуссий, посвященных всех аспектам и проблемам кодирования при помощи MEncoder.